刺客信条3现代是戴斯蒙来到美洲的一个山洞，进入了先行者造的一个文明，为了解救2012的地球毁灭，然后牺牲了自己，释放了邪恶神灵朱诺...

而古代的话...是海尔森•肯威为了一个先知文明从英国来到美洲...然后认识了一个印第安女人，也就是3代主角的母亲...与其发生了恋情，生下来孩子康纳...但海尔森没有找到文明继续寻找，而康纳幼年时遭遇丧母，为了挽救部落的存亡...踏上了刺客的道路，影响了独立战争的发展...最终为了圣殿骑士与刺客的分歧，猎杀圣殿骑士，包括其父亲...最后猎杀完所有圣殿之后美国建国，回到村庄，发现族人还是离去了...最终就是这个结尾...